Pisa ospita numerosi musei archeologici, storici, artistici e culturali. Fra i musei rcheologici vi segnaliamo: le Collezioni egittologiche dell'Università di Pisa, la Gipsoteca del Dipartimento di scienze archeologiche e il Museo delle navi antiche di Pisa. Fra i musei artistici i più importanti sono:

Il Museo dell'Opera del Duomo situato naturalmente in Piazza Duomo e precisamente nell'ex sala del Capitolo della Primaziale, si tratta di una location molto antica e prestigiosa, risalente precisamente al tredicesimo secolo.
Questo importante museo è stato inaugurato nel 1986 e per mettere in mostra i reperti che furono stati rimossi dal Duomo e dal Battistero. Oggi conserva al suo interno anche un grandissimo numero di sculture molto antiche e prestigiose di grandi artisti come Tino di Camaino e Giovanni Pisano, fra queste ad esempio vi segnaliamo la splendida Vergine con bambino in avorio di Giovanni risalente al 1300.
Inoltre sono presenti anche relique del XVII e XVIII secolo, i sassi del Golgota e il vestisto appartenuto all'eremita di San Ranieri, il patrono della città di Pisa.

Il Museo Nazionale di San Matteo invece è certamente il più importante museo di pittura e scultura di Pisa situato nella piazza di San Matteo in Soarta e si trova nell'omonimo convento medievale che si affaccia direttamente sul fiume Arno, edificato in puro sitle romanico pisano. All'interno del museo si possono ammirare importanti opere dei maestri fiorentini e pisani risalenti al dodicesimo e diciasettesimo secolo.

Altri musei: Museo delle sinopie, Museo nazionale di Palazzo Reale, Collezione Titta Ruffo, Museo della grafica, Domus Galilaeana, Domus Mazziniana, Museo anatomico della Facoltà di veterinaria, Museo dell'Istituto di anatomia umana normale, Museo nazionale degli strumenti per il calcolo, Cittadella Nuova o Fortezza Nuova.